Molti degli studi dei docenti, dei Laboratori e alcune aule del Dipartimento di Scienze Storiche e dei beni culturali hanno sede in alcuni locali dell'ex convento dei Servi di Maria, dove sin dal 1990 erano ospitati i dipartimenti di Storia e di Archeologia e Storia delle Arti.
Il complesso dei Servi raggiungibile da una strada interna al complesso del San Niccolò attraverso l'ingresso in Via Roma 56 (ingresso ex ospedale psichiatrico).
La Sede dei Servi è nota anche col nome di "Complesso Funaioli-Mazzi", che distingueva il reparto ospitato in questi locali nel periodo in cui, a partire dal 1872, essi entrarono a far parte del grande complesso manicomiale dell'Ospedale psichiatrico di San Niccolò, andando ad ospitare i 'malati cronici tranquilli', allora chiamati 'incurabili'. Tale nome ricordava le figure di Paolo Funaioli (1848 1911), professore di psichiatria all'Università di Siena dal 1883 e dal 1888 al 1907 Direttore del Manicomio di S. Niccolò, che sotto la sua direzione conobbe un rapido e notevole sviluppo, e il suo predecessore Gasparo Mazzi che, tra il 1823 e il 1833, era stato uno dei primi direttori del San Niccolò.
I primi frati, provenienti da Montesenario, si stanziarono, presso le mura della città, nella zona dove più tardi sorsero Porta Romana e il monastero di San Niccolò, nel 1234. Intorno alla metà del secolo si trasferirono nel luogo attuale, dove preesisteva una chiesa dedicata a San Clemente, e dettero inizio, con il contributo determinante del Comune, alla realizzazione di un nuovo convento. I lavori proseguirono, a più riprese, per oltre tre secoli prima di raggiungere un assetto sostanzialmente compiuto. In particolare la chiesa, con transetto e coro di forme gotiche e le navate rinascimentali, fu riconsacrata, non ancora compiuta, nel 1533 a seguito di rilevanti trasformazioni. Al Cinquecento risale pure la costruzione dei due chiostri tuttora esistenti, mentre al XVIII secolo sono riconducibili il refettorio e la libreria, opere di Giuseppe Tofani e Bernardino Rossi.
Nel 1866 una parte del convento fu ceduta al Comune il quale, pochi anni dopo, ne concesse l'uso perpetuo alla Società di Esecutori di Pie Disposizioni. I vani furono così adibiti ad infermeria del manicomio di San Niccolò, ospitando, verso la fine del secolo, circa trecento malati.
I locali dell'Università si dispongono intorno ai due chiostri cinquecenteschi, entrambi caratterizzati da arcate in mattoni a tutto sesto su colonne in pietra, corridoi voltati a crociera e prospetti in laterizi sviluppati su due piani. Quello maggiore prevedeva un loggiato esteso anche al piano superiore.
Tra i vari locali si distingue il refettorio, ora aula 1, caratterizzato da una copertura a volta lunettata e da un ciclo di affreschi raffigurante santi dell'Ordine dei Serviti, realizzato nel 1753 da Giuseppe Fantastici. Stucchi settecenteschi ornano la scala che collega i due piani.
Il recente adattamento a sede universitaria ha sostanzialmente conservato l'assetto distributivo assunto dal complesso edilizio quando, dopo le soprressioni, il convento dei Servi di Maria espropriato e passato al Comune di Siena, venne acquisito dalla Società degli esecutori di pie disposizioni per essere adibito (tra il 1870 e il 1872) a reparto dell' ospedale psichiatrico, subendo poi ulteriori trasformazioni nella prima metà del XX secolo, principalmente su progetto di Vittorio Mariani (1859-1946).
Nel recente adattamento, su progetto di Giuseppe Pin, le nuove esigenze funzionali sono state prevalentemente risolte con strutture prefabbricate, consistenti in una serie di box inseriti nei corridoi del primo piano del chiostro principale.