A seguito di decenni di ricerche sul territorio, l'Università di Siena, recependo le esigenze del territorio, attivò presso la sede di Grosseto nell'a.a. 2001-2 un master in archeologia territoriale, tenutosi fino al 2006. Subito dopo fu aperto a Grosseto il Corso di laurea in conservazione, comunicazione e gestione dei beni archeologici che ha avuto due sedi nelle casette cinquecentesche della fortezza medicea e nel complesso ex-convento delle Clarisse.
La revisione dell'offerta formativa attuata nell'a.a. 2011-12 ha prodotto la trasformazione della sede di Grosseto in luogo di attività di alta formazione extracurriculari come i Master in archeologia preventiva (alla terza edizione) e in restauro archeologico (da poco inaugurato), e altre iniziative di didattica orientate ad uno stretto rapporto con il territorio, come i corsi di formazione professionale post-diploma. Anche la sede è cambiata e ora i laboratori e le attività didattiche sono ospitate nel complesso di via Zanardelli, a breve distanza dalla stazione ferroviaria. Durante tutto questo periodo le attività di ricerca dei laboratori sono andate avanti e hanno prodotto mostre temporanee, pubblicazioni scientifiche, seminari di studio. Alcuni laureati usciti dal corso di Grosseto hanno costituito associazioni che operano nel settore dei beni culturali.
